Junto al Escorial, es la obra de mayor empeño del reinado de Felipe II y de la carrera de su gran arquitecto, Juan de Herrera.
Iniciada en 1589, su propia magnitud (unido a los progresivos problemas económicos de la Corona) hicieron que quedara inconclusa.
El primer problema que se encuentra el arquitecto son los trabajos de Hontañón, que pretendía un nuevo revival gótico a la manera de las catedrales de Segovia o Salamanca
Frente a ello, Herrera propone una forma clasicista que se separa de su basílica del Escorial, dando protagonismo a lo longitudinal frente a la centralización del Escorial, con tres naves, profundos capillas laterales y testero plano.
Proyecto original
Maqueta
En el proyecto existía un crucero no destacado en planta pero sí en alzado que nunca se llegó a construir (en realidad, lo realizado, tan sólo era algo menos de la mitad del conjunto en donde la nave transepto actuaría como eje de simetría del gran eje longitudinal, tal y como puede apreciarse en la maqueta)
El interior aún se encontraría más despojado que el propio Escorial, con gruesos y limpios pilares sobre los que tan sólo se insinuaba una pilastra que conectaría con el arquitrabe y friso que iría avanzando en su articulación según asciende hasta crear (maravillosa nota manierista) un fuerte resalto sobre el que las bóvedas de cañón (retranquedas a la verdadera vertical de los pilares) parecen flotar, especialmente por la luz rasante de sus vanos termales, semiescondidos.
Las naves laterales se articularían con bóvedas de arista.
Al exterior los larguísimos muros laterales mantendrían una rítmica secuencia por medio de pilastras, y tan sólo serían interrumpidos por las portadas del transepto, también inacabadas (les faltaría su segundo cuerpo), así como las torres y cúpula que crearían el vector vertical del conjunto.
En toda la obra existe una obsesión por la matemática y la geometría, con el característico juego entre volúmenes (huecos y llenos)
En este proceso el espectador (como ocurre en el clasicismo más radical) queda excluido de un edificio del que sólo puede ser testigo, pues no puede interactuar verdaderamente con él, pues es un objeto tridimensional autosuficiente.
En su interior se encuentra un magnífico retablo de Juan de Juni
.
Los masivos pilares no son simplemente un elemento de sujección sino que forman parte de una relación entre volúmenes positivos y negativos (Su grosor representa justamente la mitad del intercolumnio, llevando a la perfección el modelo planteado por Bramante en el Claustro de Santa María della Pace, en donde el pilar actúa ya como "resto de un pared horadada")
En este proceso el espectador (como ocurre en el clasicismo más radical) queda excluido de un edificio del que sólo puede ser testigo, pues no puede interactuar verdaderamente con él, pues es un objeto tridimensional autosuficiente.
En su interior se encuentra un magnífico retablo de Juan de Juni
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